Nouvelle loi sur l’arrêt maladie des fonctionnaires

5,7 millions d’agents publics relèvent d’un cadre statutaire que la nouvelle loi sur l’arrêt maladie des fonctionnaires a modifié à compter de 2025, lorsque l’article 189 de la loi n°2025-127 du 14 février 2025 a révisé l’indemnisation du congé de maladie ordinaire.

Les données juridiques disponibles montrent que l’analyse doit croiser la loi n°2025-127, le décret n°2025-197, les précisions de la DGCL du 25 juin 2025 et la réponse ministérielle publiée au Journal officiel le 15 juillet 2025, afin d’identifier le champ d’application, le calendrier effectif et les modalités de paie.

Le panorama ci-dessous synthétise les sources de référence, les règles d’indemnisation, les publics concernés et les principaux points procéduraux, avant le détail de chaque composante du nouveau régime de congé de maladie ordinaire.

Ce que change la nouvelle loi sur l’arrêt maladie des fonctionnaires

La nouvelle loi sur l’arrêt maladie des fonctionnaires modifie exclusivement le régime du CMO en abaissant le maintien du traitement à 90 % pendant les trois premiers mois, alors que le palier de 50 % du quatrième au douzième mois demeure inchangé. L’article 189 de la loi n°2025-127 du 14 février 2025 a introduit cette évolution en réécrivant l’article L.822-3 du Code général de la fonction publique.

Passage du maintien de salaire à 90 % pendant les 3 premiers mois de congé de maladie ordinaire

Le maintien de salaire n’est donc plus intégral durant la première période du congé de maladie ordinaire, ce qui crée une retenue immédiate de 10 % sur le traitement servant d’assiette au dispositif. Les données diffusées dans le secteur territorial mentionnent, à titre d’illustration, qu’un agent de catégorie C peut perdre plus de 200 euros pour 20 jours d’arrêt, une fois combinés le jour de carence et la baisse de 10 %.

Le décret n°2025-197 du 27 février 2025 a assuré la mise en cohérence réglementaire de cette baisse, notamment pour la fonction publique territoriale et hospitalière. Cette modification poursuit un objectif budgétaire, alors que certaines estimations syndicales évoquent une économie annuelle de 40 000 euros pour une commune de 20 000 habitants.

Le jour de carence est-il obligatoire pour tous les fonctionnaires ?

Le jour de carence reste applicable dans le régime de droit commun du CMO, ce qui signifie que le premier jour d’arrêt demeure non rémunéré en plus de la réduction à 90 % sur la période suivante. La réforme de 2025 n’a pas supprimé cette règle et elle s’additionne donc à la nouvelle retenue de 10 %.

Des régimes particuliers peuvent toutefois découler d’autres fondements statutaires, notamment lorsqu’un arrêt est ultérieurement requalifié en CLM, CLD, CGM ou CITIS. Dans ce cas, les textes et la doctrine administrative admettent un rappel de traitement correspondant aux 10 % retenus à tort, si le reclassement rétroactif ouvre droit à un régime plus favorable.

Depuis quand la réforme s’applique-t-elle et à quels arrêts ?

Le 1er mars 2025 constitue la date d’effet retenue par les textes pour la nouvelle loi sur l’arrêt maladie des fonctionnaires, mais l’application concrète en paie a parfois été différée par les systèmes d’information. Les communications syndicales et ministérielles diffusées en 2025 font état de mises à jour techniques échelonnées, avec retenues rétroactives selon les employeurs et les opérateurs de paie.

Mesure applicable aux congés de maladie ordinaire accordés à compter du 1er mars 2025

La mesure vise les seuls CMO accordés à compter du 1er mars 2025, conformément au décret n°2025-197 publié au Journal officiel du 28 février 2025. La réponse ministérielle à la question écrite n°7027, publiée le 15 juillet 2025, confirme expressément cette lecture temporelle du nouveau dispositif.

La loi n°2025-127 a été publiée le 14 février 2025, mais le texte réglementaire a fixé le point d’entrée opérationnel du régime révisé à compter du 1er mars 2025. Cette articulation explique qu’un arrêt totalement antérieur à cette date demeure régi par l’ancien taux pour la période déjà accordée avant l’entrée en vigueur.

La nouvelle loi s’applique-t-elle aux prolongations d’arrêt déjà en cours ?

La DGAFP a précisé qu’un nouvel arrêt de travail constitue un nouveau CMO, y compris lorsqu’il prolonge médicalement une période antérieure. Cette interprétation produit des effets directs sur les prolongations prenant effet après le 1er mars 2025, puisque le nouveau taux de 90 % s’applique à la nouvelle décision administrative.

L’exemple officiel diffusé par l’administration indique qu’un certificat de prolongation prenant effet le 10 mars 2025 laisse subsister le plein traitement du 1er au 9 mars, puis déclenche le taux de 90 % à compter du 10 mars. Ce point distingue nettement la période initiale déjà accordée et le nouveau congé résultant de la prolongation.

Quels fonctionnaires et agents publics sont concernés ?

Les trois versants de la fonction publique relèvent du champ de la nouvelle loi sur l’arrêt maladie des fonctionnaires, ce que confirment la loi, le décret et les commentaires administratifs publiés en 2025. Le périmètre comprend la fonction publique de l’État, la fonction publique territoriale et la fonction publique hospitalière, avec des nuances pour certains cadres d’emplois territoriaux.

Titulaires, stagiaires, temps complet et temps partiel dans les trois versants

Les titulaires, les stagiaires ainsi que les agents à temps complet ou partiel sont concernés dans les trois fonctions publiques. Cette généralité de principe ressort des textes modifiés et des commentaires relayés par les administrations employeuses, sans distinction selon la quotité de travail pour l’application du nouveau taux.

La note DGCL du 25 juin 2025 signale toutefois une exception importante en matière territoriale, puisque le principe de parité ne s’applique pas aux cadres d’emplois des policiers municipaux, des gardes champêtres et des sapeurs-pompiers professionnels. Pour ces fonctionnaires territoriaux, un maintien intégral peut donc subsister selon le cadre statutaire propre à leur filière.

Les agents contractuels bénéficient-ils des mêmes règles que les titulaires ?

Les agents contractuels de droit public sont également touchés, mais selon des modalités différenciées prévues par le décret du 27 février 2025 et le décret n°88-145 modifié. Le principe retenu consiste à remplacer par 90 % les périodes qui ouvraient auparavant droit à un maintien intégral, avec un barème dépendant de l’ancienneté de services.

Après 4 mois de services, l’agent contractuel ouvre droit à un mois à 90 % puis un mois à demi-traitement. Après 2 ans, le régime passe à deux mois à 90 % et deux mois à demi-traitement, puis à trois mois et trois mois après 3 ans. Le même décret reporte en outre au 1er janvier 2027 l’entrée en vigueur de la subrogation pour les employeurs des agents contractuels de l’État.

Comment calcule-t-on la perte de salaire avec le maintien à 90 % ?

Le calcul combine deux paramètres distincts, à savoir le jour de carence non rémunéré et le maintien à 90 % du traitement pendant les trois premiers mois de CMO. Cette combinaison explique que la perte réelle excède mécaniquement une simple baisse linéaire de 10 % sur la durée totale de l’arrêt, surtout pour les arrêts courts.

Impact sur le traitement pendant les 3 premiers mois puis passage à 50 %

Le traitement est maintenu à 90 % pendant les trois premiers mois de CMO, puis à 50 % du quatrième au douzième mois, sans modification de ce second palier. Pour un arrêt de courte durée, l’impact visible porte donc surtout sur la retenue du premier jour et sur l’abattement de 10 % appliqué aux jours indemnisés de la première période.

Les dispositifs de prévoyance ne couvrent pas nécessairement cette baisse intermédiaire, car ils interviennent souvent au stade du demi-traitement. Les organisations syndicales ont relevé ce point comme un angle mort pratique du régime, dans la mesure où la couverture complémentaire n’absorbe pas automatiquement la perte entre 100 % et 90 %.

Comment calcule-t-on le maintien à 90 % sur les primes et indemnités ?

Le régime indemnitaire suit le principe de parité dans la fonction publique territoriale, de sorte que les collectivités ne peuvent pas, en principe, maintenir des primes et indemnités au-delà de 90 % pendant les trois premiers mois de CMO. La note DGCL du 25 juin 2025 confirme cette limite et renvoie au cadre du décret n°2010-997 du 26 août 2010 pour les règles de maintien.

Certaines sommes ne relèvent pas de la même base de calcul, notamment les remboursements de frais, des indemnités liées à la mobilité, certains versements exceptionnels, le supplément familial de traitement ou l’indemnité de résidence lorsqu’il s’agit d’apprécier une sanction pour envoi tardif. Les fiches juridiques diffusées en 2025 rappellent que l’assiette varie selon l’objet de la retenue examinée.

La réforme concerne-t-elle aussi les congés de longue maladie et de longue durée ?

La réforme de 2025 cible le seul congé de maladie ordinaire et n’a pas redéfini le régime propre du CLM ou du CLD. Cette délimitation ressort de la modification de l’article L.822-3 du CGFP et des réponses administratives publiées en 2025, qui dissocient clairement les différentes catégories de congés statutaires.

Les agents en affection longue durée sont-ils exonérés de la retenue de 10 % ?

Une affection longue durée n’exonère pas, par elle-même, de la retenue de 10 % lorsque l’agent demeure placé en CMO. Ce point a alimenté des critiques parlementaires et syndicales, notamment dans la question écrite n°7027, qui soulignait le risque de dissuasion à prendre des arrêts médicalement nécessaires pour des agents déjà fragilisés.

La retenue cesse en revanche d’être justifiée si la situation est requalifiée rétroactivement dans un congé plus protecteur, tel que le CLM, le CLD, le CGM ou le CITIS. Dans ce cas, l’administration doit procéder à un rappel de traitement correspondant aux 10 % précédemment retranchés, puisque le fondement juridique du CMO disparaît rétroactivement.

Quelles démarches respecter pendant un arrêt maladie ?

La procédure demeure déterminante, car le respect des délais conditionne non seulement le placement régulier en congé de maladie ordinaire, mais aussi l’absence de sanction de rémunération pour transmission tardive. Les textes statutaires imposent un circuit documentaire précis, qui varie à la marge selon l’employeur mais conserve un noyau commun dans les trois versants.

Quels documents transmettre et dans quel délai de 48 heures

L’avis d’arrêt de travail doit être transmis à l’administration employeur dans un délai de 48 heures à compter de son établissement par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. L’agent adresse les volets n°2 et n°3 à l’employeur et conserve le volet n°1, qui peut être demandé lors d’une contre-visite par un médecin agréé.

Dans l’Éducation nationale, les circuits internes imposent généralement d’adresser le volet 3 à l’IEN, le volet 2 à la MGEN et d’informer rapidement le directeur d’école pour organiser le remplacement. Ces modalités pratiques n’altèrent pas l’exigence centrale du délai de 48 heures, qui demeure le point de contrôle prioritaire.

Contrôle médical, contre-visite et sanctions en cas d’envoi tardif

L’administration peut organiser à tout moment une contre-visite ou un contrôle de présence par un médecin agréé. Cette faculté existe indépendamment du nouveau taux à 90 % et vise à vérifier la réalité du congé, la présence de l’agent aux heures prescrites et la cohérence de la situation médicale avec les obligations statutaires.

En cas d’envoi tardif au-delà de 48 heures, l’administration informe d’abord l’agent du retard et du risque encouru. Si un nouvel envoi tardif intervient dans les 24 mois, elle peut réduire de moitié la rémunération correspondant à la période écoulée entre la prescription et l’envoi, selon les modalités prévues par les textes applicables. Cette assiette comprend le traitement indiciaire brut et certaines primes, sous réserve des exclusions statutaires.

Comment contester une retenue de salaire liée à un congé de maladie ordinaire ?

La contestation d’une retenue appliquée au titre de la nouvelle loi sur l’arrêt maladie des fonctionnaires suppose d’identifier d’abord la cause exacte du prélèvement, qu’il s’agisse du jour de carence, du passage à 90 %, d’une erreur sur la date d’effet, d’une mauvaise prise en compte d’une prolongation ou d’une assiette indemnitaire inexacte.

Le contrôle doit porter sur l’arrêt initial, la date de notification du CMO, les éventuelles prolongations, le bulletin de paie et, le cas échéant, la décision de requalification en CLM, CLD, CGM ou CITIS. Une erreur de qualification ou de période peut justifier une régularisation rétroactive, notamment lorsque l’administration a appliqué le taux de 90 % à une période qui relevait encore du régime antérieur ou d’un congé plus favorable.

La réponse ministérielle du 15 juillet 2025 et la note DGCL du 25 juin 2025 fournissent des points d’appui interprétatifs utiles, mais la base de droit demeure la loi, le décret et les textes statutaires propres à chaque catégorie d’agents. Lorsque la retenue provient d’un décalage de paie ou d’une régularisation informatique tardive, l’examen chronologique des pièces reste déterminant pour distinguer une application régulière d’une erreur de liquidation.

Le nouveau régime du CMO repose sur trois paramètres à vérifier systématiquement, la date d’effet du 1er mars 2025, le maintien de 90 % pendant les trois premiers mois et le jour de carence toujours applicable. Les écarts de paie observés en 2025 proviennent souvent moins du principe juridique que de la qualification du congé, de la gestion des prolongations et des régularisations opérées par les outils de paie.