Tomber malade quand on est fonctionnaire ou contractuel de la fonction publique, c’est différent du secteur privé. Vous bénéficiez d’un système protecteur avec un délai de carence d’un seul jour et des taux d’indemnisation qui ont changé en mars 2025. Depuis cette date, vous touchez 90% de votre traitement les 3 premiers mois d’arrêt (contre 100% avant), puis 50% du 4ᵉ au 12ᵉ mois. Ces règles s’appliquent aux trois versants de la fonction publique : État, territoriale et hospitalière, que vous soyez titulaire, stagiaire ou contractuel.
Contrairement aux salariés du privé qui ont 3 jours de carence, vous n’en avez qu’un seul, et contrairement aux auto-entrepreneurs qui doivent justifier de 12 mois d’affiliation et d’un seuil minimum de revenus, vous n’avez aucune condition d’ancienneté à remplir. Votre arrêt doit simplement être justifié par un médecin et transmis à votre employeur dans les 48 heures. Le congé maladie ordinaire (CMO) dure jusqu’à 12 mois, mais des dispositifs spécifiques existent pour les affections graves (Congé Longue Maladie jusqu’à 3 ans, Congé Longue Durée jusqu’à 5 ans). On vous explique tout ce qu’il faut savoir sur vos droits, vos démarches et les montants que vous toucherez réellement en 2026.
Voici ce qui s’applique à votre arrêt de travail en tant qu’agent public :
| Critère | Détail |
|---|---|
| Délai de carence | 1 jour (retenu sur traitement indiciaire brut) |
| Condition d’ancienneté | Aucune (dès le 1er jour d’embauche) |
| Indemnisation 3 premiers mois | 90% du traitement indiciaire (depuis mars 2025) |
| Indemnisation mois 4 à 12 | 50% du traitement indiciaire |
| Durée max CMO | 12 mois (puis CLM ou CLD si besoin) |
| Congé maternité | 100% du traitement, sans carence, 16 à 26 semaines |
| Congé paternité | 100% du traitement, sans carence, 25 jours |
| Délai d’envoi arrêt | 48 heures à l’employeur (DRH/service RH) |
💡 Les 8 points essentiels à retenir
Avant mars 2025, vous touchiez 100% de votre traitement les 3 premiers mois. Depuis cette date, c’est passé à 90%, soit une perte de 10% sur cette période. Pour un traitement de 2 500 €/mois, vous perdez 250 € par mois les 3 premiers mois d’arrêt.
Contrairement au privé (3 jours de carence), vous n’avez qu’un seul jour non rémunéré. Mais attention : le Sénat a voté fin 2024 pour passer à 3 jours de carence. La mesure n’est pas encore en vigueur en 2026, mais elle pourrait arriver prochainement.
Si votre médecin prolonge votre arrêt sans interruption, vous ne payez pas de nouveau jour de carence. La carence ne s’applique qu’au premier jour du premier arrêt, sauf si vous reprenez et retombez malade après quelques jours.
Dès votre premier jour de travail en tant que fonctionnaire ou contractuel, vous avez droit à l’indemnisation en cas d’arrêt maladie. Pas besoin d’attendre 12 mois comme les auto-entrepreneurs, ni de justifier d’heures travaillées comme dans certains régimes.
Du 4ᵉ au 12ᵉ mois d’arrêt, vous tombez à 50% de votre traitement indiciaire. Pour un traitement de 2 500 €/mois, vous passez de 2 250 €/mois (90%) à 1 250 €/mois (50%), soit une perte de 1 000 € par mois. Anticipez cette baisse si vous avez des charges fixes importantes.
Votre traitement indiciaire est indemnisé à 90% puis 50%, mais vos primes et indemnités (IFSE, prime de précarité, etc.) peuvent être maintenues totalement, partiellement ou supprimées selon les textes réglementaires de votre corps ou cadre d’emploi. Vérifiez avec votre service RH.
Pour le congé maternité (16 à 26 semaines) et le congé paternité (25 jours), vous touchez 100% de votre traitement sans aucun jour de carence. Ces congés sont donc bien plus avantageux qu’un arrêt maladie classique.
Si votre arrêt dépasse 30 jours, vous devez passer une visite médicale de reprise avant de reprendre votre poste. Le médecin peut vous déclarer apte, inapte avec aménagement, ou inapte total, ce qui déclenche alors une procédure de reclassement ou de mise en disponibilité.
Quelles conditions un fonctionnaire doit-il remplir pour bénéficier d’un arrêt maladie indemnisé ?
Tout agent public, qu’il soit fonctionnaire titulaire, stagiaire ou contractuel, peut bénéficier d’un congé maladie indemnisé dès lors qu’il est en incapacité de travail sur avis médical. Contrairement aux auto-entrepreneurs qui doivent justifier de 12 mois d’affiliation et d’un seuil minimum de revenus, vous n’avez aucune condition d’ancienneté à remplir. Même si vous venez d’être embauché, vous avez immédiatement droit à l’indemnisation en cas d’arrêt maladie.
L’arrêt doit être justifié par un médecin, un dentiste ou une sage-femme qui constate votre incapacité à exercer vos fonctions. Ce professionnel de santé vous remet un certificat médical d’arrêt de travail, soit en version papier, soit via télétransmission. Vous devez ensuite transmettre ce certificat à votre employeur (DRH ou service RH) dans les 48 heures suivant la date de prescription. Un retard dans l’envoi peut entraîner une suspension ou une réduction de votre indemnisation.
Une fois l’arrêt reçu, votre administration vérifie le certificat et vous place en congé de maladie ordinaire (CMO). C’est le régime standard pour les arrêts liés à une maladie courante ou un accident non professionnel. Si votre état nécessite une prolongation, vous devez consulter à nouveau un médecin avant la fin de l’arrêt initial et transmettre le nouveau certificat médical dans les mêmes délais de 48 heures. Les prolongations immédiates ne donnent lieu qu’à un seul jour de carence au total (celui du premier arrêt), vous n’en payez pas de nouveau.
Les règles sont identiques pour les trois versants de la fonction publique : État (FPE), territoriale (FPT) et hospitalière (FPH). Que vous travailliez dans un ministère, une collectivité territoriale ou un hôpital, les conditions d’ouverture des droits, les taux d’indemnisation et le délai de carence sont les mêmes depuis l’harmonisation des règles.
Comment déclarer son arrêt de travail dans la fonction publique et quel est le délai de carence ?
Les démarches sont simples mais doivent être respectées scrupuleusement. Vous consultez d’abord un médecin qui évalue votre état de santé et, s’il estime que vous êtes dans l’incapacité de travailler, il vous prescrit un arrêt de travail. Ce certificat médical peut être établi en version papier ou transmis par voie électronique si votre médecin utilise la télétransmission.
Vous devez transmettre ce certificat à votre employeur (et non à la CPAM comme dans le secteur privé) dans les 48 heures suivant la date de prescription. Envoyez-le à votre DRH, votre service RH ou votre supérieur hiérarchique selon les procédures internes de votre administration. Un retard dans cet envoi peut entraîner une retenue sur salaire ou une perte partielle de l’indemnisation. Privilégiez un envoi en recommandé avec accusé de réception si vous voulez une preuve de dépôt, ou utilisez les procédures dématérialisées mises en place par votre employeur.
Votre administration vérifie le certificat médical et vous place officiellement en congé de maladie ordinaire (CMO). Pendant toute la durée de l’arrêt, vous devez cesser toute activité professionnelle et rester à disposition de votre employeur pour d’éventuels contrôles médicaux. L’administration peut en effet mandater un médecin agréé pour vérifier la réalité de votre incapacité de travail. Si ce contrôle conclut que vous êtes apte à travailler alors que votre médecin traitant vous a mis en arrêt, votre employeur peut suspendre votre indemnisation et vous demander de reprendre le travail.
Le délai de carence dans la fonction publique est d’un seul jour. Ce jour correspond au premier jour de votre arrêt et il est retenu sur votre traitement indiciaire brut, à hauteur de 1/30ᵉ de votre mensuel. Concrètement, si vous gagnez 2 400 € brut par mois, vous perdrez 80 € (2 400 / 30) pour ce jour de carence. Ce délai est bien plus avantageux que dans le secteur privé où les salariés ont 3 jours de carence.
Il existe plusieurs exceptions où le jour de carence ne s’applique pas. Si votre arrêt est une prolongation immédiate d’un arrêt précédent (sans reprise du travail entre les deux), vous ne payez qu’un seul jour de carence au total, celui du premier arrêt. Si vous reprenez le travail mais retombez malade dans les 1 ou 2 jours suivant votre reprise, la carence ne s’applique pas non plus. Si votre arrêt débute un week-end ou un jour férié et que votre médecin justifie la nécessité de l’arrêt dès ce jour-là, la carence peut être neutralisée. Enfin, pour les affections de longue durée (ALD), vous pouvez bénéficier d’une exemption de carence, mais seulement une fois tous les 3 ans pour la même pathologie.
Attention : le Sénat a voté fin 2024 pour porter le délai de carence de 1 à 3 jours dans la fonction publique, afin de l’aligner sur le secteur privé. Cette mesure n’est pas encore en vigueur en 2026, mais elle pourrait être adoptée prochainement. Si elle entre en application, vous perdriez 3/30ᵉ de votre traitement mensuel au lieu d’1/30ᵉ, soit une perte trois fois plus importante au début de chaque arrêt.
Combien touche un fonctionnaire pendant son arrêt maladie en 2026 ?
L’indemnisation d’un agent public en arrêt maladie a changé le 1ᵉʳ mars 2025. Avant cette date, vous touchiez 100% de votre traitement indiciaire pendant les 3 premiers mois d’arrêt. Depuis mars 2025, ce taux est passé à 90% les 3 premiers mois, puis 50% du 4ᵉ au 12ᵉ mois. C’est une baisse significative qui impacte directement votre pouvoir d’achat en cas d’arrêt prolongé.
Concrètement, si vous avez un traitement indiciaire de 2 500 € brut par mois, vous toucherez 2 250 € brut par mois (90%) pendant les 3 premiers mois d’arrêt, soit une perte de 250 € par mois par rapport à votre salaire habituel. Du 4ᵉ au 12ᵉ mois, vous tombez à 1 250 € brut par mois (50%), soit une perte brutale de 1 250 € par mois par rapport à votre salaire habituel. Cette chute de revenu peut poser de sérieux problèmes si vous avez des charges fixes importantes (loyer, crédit, etc.).
Il faut bien comprendre que ces pourcentages s’appliquent à votre traitement indiciaire, c’est-à-dire la partie fixe de votre rémunération calculée sur la base de votre indice et de la valeur du point d’indice. En 2026, le point d’indice a été revalorisé de 2%, ce qui augmente légèrement le montant de votre traitement et donc de vos indemnités en cas d’arrêt.
Par contre, les primes et indemnités (IFSE, indemnité de résidence, supplément familial, prime de précarité pour les contractuels, etc.) obéissent à des règles spécifiques selon les textes réglementaires de votre corps, cadre d’emploi ou statut. Certaines primes sont maintenues intégralement pendant l’arrêt, d’autres sont réduites proportionnellement au traitement, et d’autres encore sont supprimées dès le premier jour d’arrêt. Vous devez vérifier avec votre service RH ou consulter votre statut particulier pour connaître le sort de vos primes en cas d’arrêt maladie.
Le congé maladie ordinaire (CMO) dure jusqu’à 12 mois maximum. Au-delà de cette durée, si votre état de santé ne vous permet toujours pas de reprendre le travail, vous pouvez basculer sur un Congé Longue Maladie (CLM) ou un Congé Longue Durée (CLD), qui sont des régimes spécifiques pour les affections graves ou les inaptitudes prolongées.
Le CLM concerne les affections graves listées par décret et peut durer jusqu’à 3 ans maximum. Vous touchez 100% de votre traitement pendant les 12 premiers mois de CLM, puis 50% les 24 mois suivants. Le CLD concerne les inaptitudes prolongées nécessitant des traitements lourds et peut durer jusqu’à 5 ans maximum. L’indemnisation suit le même schéma que le CLM : 100% la première année, 50% ensuite.
Si vous êtes en arrêt depuis plusieurs mois et que vos revenus ont chuté à 50% de votre traitement, vous pouvez envisager de souscrire une assurance prévoyance complémentaire spécifique pour les fonctionnaires. Ces contrats proposés par des mutuelles (MGEN, MNT, etc.) peuvent compléter votre indemnisation et maintenir votre pouvoir d’achat en cas d’arrêt long. Les cotisations mensuelles varient entre 20 € et 100 € selon votre âge et le niveau de garanties choisi.
Un fonctionnaire en arrêt maladie peut-il exercer une autre activité ou cumuler avec d’autres prestations ?
Non, pendant votre arrêt de travail, vous devez cesser totalement votre activité professionnelle. Vous ne pouvez pas exercer votre emploi public, ni exercer une activité privée rémunérée à côté. L’administration considère que si vous êtes en incapacité de travailler pour elle, vous l’êtes aussi pour toute autre activité professionnelle. Si vous êtes pris en train de travailler ailleurs pendant votre arrêt, vous risquez des sanctions disciplinaires pouvant aller jusqu’à la révocation pour les titulaires, ou le licenciement pour les contractuels. Vous devrez également rembourser les sommes perçues indûment.
Votre employeur peut effectuer des contrôles pour vérifier que vous respectez bien votre arrêt. Un médecin agréé peut se déplacer à votre domicile ou vous convoquer dans ses locaux pour vérifier votre état de santé. Si ce médecin conclut que vous êtes apte à travailler, votre indemnisation peut être suspendue et vous devrez reprendre votre poste immédiatement, même si votre médecin traitant maintient l’arrêt. En cas de désaccord entre les deux médecins, vous pouvez demander une contre-expertise.
Après 30 jours d’arrêt continu, vous devez obligatoirement passer une visite médicale de reprise avant de reprendre votre poste. Cette visite est effectuée par le médecin du travail (médecine de prévention dans la fonction publique). Il peut vous déclarer apte à reprendre vos fonctions dans les conditions habituelles, apte avec aménagement (poste adapté, temps partiel thérapeutique, horaires aménagés), ou inapte à tout poste dans votre administration.
Si vous êtes déclaré inapte, votre employeur doit rechercher des possibilités de reclassement dans un autre poste compatible avec votre état de santé. Si aucun reclassement n’est possible, vous pouvez être placé en disponibilité d’office (pour les titulaires) ou licencié pour inaptitude (pour les contractuels). Dans ce dernier cas, vous pouvez avoir droit à une indemnité de licenciement et éventuellement à des allocations chômage si vous remplissez les conditions.
Le temps partiel thérapeutique existe dans la fonction publique, mais sous le nom de mi-temps thérapeutique. Il permet une reprise progressive du travail à 50% de votre temps de travail habituel, tout en conservant 100% de votre traitement pendant une durée limitée (généralement 3 mois renouvelables). C’est prescrit par votre médecin traitant et doit être validé par le médecin du travail et votre employeur. Ce dispositif facilite la reprise après un arrêt long et limite les risques de rechute.
Côté cumuls avec d’autres prestations, si vous percevez déjà une pension d’invalidité versée par votre régime de retraite (CNRACL pour la FPT et FPH, ou régime de l’État pour la FPE), vous ne pouvez généralement pas cumuler cette pension avec une indemnisation d’arrêt maladie. Les règles de cumul sont complexes et dépendent de votre situation. Renseignez-vous auprès de votre caisse de retraite.
Si vous êtes en arrêt et que vous avez des enfants à charge, vous continuez à percevoir le supplément familial de traitement (SFT) pendant toute la durée de l’arrêt, car il ne dépend pas de votre activité mais de votre situation familiale.
En complément du régime des fonctionnaires, consultez les particularités de l’arrêt de travail pour auto-entrepreneur qui présente des démarches et indemnisations spécifiques à ce statut.
Quels sont les droits d’un fonctionnaire en congé maternité ou paternité ?
Le congé maternité dans la fonction publique est bien plus avantageux qu’un arrêt maladie classique. Vous touchez 100% de votre traitement indiciaire pendant toute la durée du congé, sans aucun jour de carence. La durée du congé est de 16 semaines pour une première ou deuxième naissance (dont au moins 6 semaines après l’accouchement), et elle peut aller jusqu’à 26 semaines pour des jumeaux, 34 semaines pour des triplés, ou si vous avez déjà 2 enfants à charge ou plus.
Vous devez transmettre à votre employeur un avis d’arrêt de travail pour maternité délivré par votre médecin ou votre sage-femme, en précisant les dates de début et de fin prévisionnelles du congé. Vous pouvez fractionner ce congé dans certaines limites, par exemple en reportant une partie du congé prénatal après l’accouchement si votre état de santé le permet. Votre employeur ne peut pas refuser ce congé, c’est un droit légal.
Pendant toute la durée du congé maternité, vous percevez l’intégralité de votre traitement indiciaire brut, plus le maintien de certaines primes et indemnités selon les textes réglementaires. C’est donc beaucoup plus intéressant financièrement qu’un arrêt maladie ordinaire où vous ne touchez que 90% les 3 premiers mois puis 50% ensuite.
Le congé paternité et d’accueil de l’enfant a été allongé en 2021. Il dure désormais 25 jours calendaires (et non ouvrés) pour une naissance simple, et 32 jours pour des naissances multiples. Ce congé se compose de deux parties : une première période obligatoire de 4 jours consécutifs à prendre juste après la naissance (en plus des 3 jours de congé de naissance), et une seconde période facultative de 21 jours que vous pouvez fractionner en plusieurs périodes d’au moins 5 jours, à prendre dans les 6 mois suivant la naissance.
Pendant toute la durée du congé paternité, vous touchez 100% de votre traitement indiciaire, sans jour de carence. C’est également plus avantageux qu’un arrêt maladie classique. Vous devez prévenir votre employeur au moins un mois avant la date prévue de début du congé, en fournissant un justificatif de naissance (copie de l’acte de naissance ou extrait).
Une nouveauté importante arrive en 2026 : le congé de naissance supplémentaire. Ce nouveau congé, encore en cours de discussion parlementaire fin 2024, devrait permettre aux deux parents de bénéficier de 2 mois de congé individualisables (non transférables d’un parent à l’autre). Ces 2 mois seraient indemnisés à 70% du salaire net le premier mois, puis 60% le deuxième mois, avec un plafond de 4 005 €/mois (équivalent au plafond annuel de la Sécurité sociale mensuel). Ce congé viendrait s’ajouter au congé maternité et au congé paternité actuels, et pourrait être pris jusqu’aux 6 ans de l’enfant. Si cette réforme est adoptée, elle devrait entrer en vigueur courant 2026 et offrir une bien meilleure conciliation vie professionnelle / vie familiale pour les agents publics.
L’arrêt de travail dans la fonction publique reste protecteur comparé au secteur privé, avec un seul jour de carence (pour l’instant) et aucune condition d’ancienneté. Mais la baisse d’indemnisation depuis mars 2025 change la donne : vous perdez 10% de votre traitement dès les 3 premiers mois d’arrêt, puis 50% du 4ᵉ au 12ᵉ mois. Cette chute brutale de revenus peut poser problème si vous avez des charges fixes importantes. Pensez à vérifier le sort de vos primes avec votre service RH, car elles peuvent être maintenues ou supprimées selon votre statut. Respectez scrupuleusement le délai de 48 heures pour transmettre votre arrêt à votre employeur, et sachez que des contrôles médicaux peuvent être effectués à tout moment. Après 30 jours d’arrêt, la visite de reprise est obligatoire et peut déboucher sur un aménagement de poste, voire un reclassement si vous êtes déclaré inapte.
